O naší skupině
Laboratoř kryogenní elektronové mikroskopie (cryo-EM) se zabývá 3D strukturní analýzou bílkovin a jejich komplexů. Cryo-EM laboratoř proto úzce spolupracuje s biologickými skupinami ÚOCHB v oblasti strukturní biologie. Poskytujeme expertízu v oblasti přípravy cryo-EM vzorků a jejich charakterizace i ve sběru cryo-EM dat. Ve spolupráci se skupinou vysoce výkonného počítání provádíme 3D analýzu cryo-EM dat. V neposlední řadě poskytujeme expertízu při stavbě atomárních modelů analyzovaných bílkovin a jejich komplexů. Cryo-EM laboratoř se samostatně věnuje strukturní biologii virových a bakteriálních RNA polymeráz a jejich inhibitorů.
Publikace
Všechny publikace
Molecular insight into 5′ RNA capping with NpnNs by bacterial RNA polymerase
Nature Chemical Biology 2026: Early View
RNA capped with dinucleoside polyphosphates has been discovered in bacteria and eukaryotes only recently. The likely mechanism of this specific capping involves direct incorporation of dinucleoside polyphosphates by RNA polymerase as noncanonical initiating nucleotides. However, how these compounds bind into the active site of RNA polymerase during transcription initiation is unknown. Here, we explored transcription initiation in vitro, using a series of DNA templates in combination with dinucleoside polyphosphates and model RNA polymerase from Thermus thermophilus. We observed that the transcription start site can vary on the basis of the compatibility of the specific template and dinucleoside polyphosphate. Cryo-electron microscopy structures of transcription initiation complexes with dinucleoside polyphosphates revealed that both nucleobase moieties can pair with the DNA template. The first encoded nucleotide pairs in a canonical Watson–Crick manner, whereas the second nucleobase…
Conformational landscape of the mycobacterial inosine 5′-monophosphate dehydrogenase octamerization interface
Journal of Structural Biology 217 (2): 108198 (2025)
Mycobacterial HelD connects RNA polymerase recycling with transcription initiation
Nature Communications 15: 8740 (2024)